Kommunalt avløpssystem består i hovedsak av 5 pumpestasjoner og 58 km ledningsnett, hvor 20 km er fellessystem for spillvann og overvann. Det er om lag 38 kommunale utslipp til sjø i kommunen, hvor 19 er lokalisert i Vadsø by.

2318 abonnenter er tilknyttet kommunalt avløpsnett.

I delen av Vadsø by, som er begrenset av Prestelva i vest og Landhuselva i øst, er abonnenter pålagt å ha privat slamavskiller før innslipp til kommunalt nett.